杭州植物园植物标本馆始建于1956年。经过50余年的发展，目前共采集和交换了国内外正副号标本合计十万余份，馆藏标本年代悠久，保存品相良好。 标本收藏为浙江省维管束植物标本，还有一些华东其它省的标本。蕨类植物：3000余份，裸子植物：800余份，被子植物：66000余份。 已经完成60052份标本的数字化工作。